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被烷基化或脱氨基的DNA碱基,在一个保护基因组完整性、但同时又会干预癌症烷基化疗法的过程中被DNA糖基化酶(修复酶)清除。迄今所研究的DNA糖基化酶采用一个被修饰的碱基插入活性点的机制。
现在,最近发现的DNA糖基化酶AlkD的结构已被确定,并且也显示了一个非常不同的机制。按这种机制,被修饰的碱基从一个“螺旋外”位置伸出,这个位置只使N3- 和N7-被烷基化的碱基发生解理。
DNA与AlkD的串联HEAT重复段的相互作用使DNA 骨干发生扭曲,从而使“非Watson–Crick碱基对”能够被检测到。AlkD酶在细菌、古细菌、植物和真核生物中普遍存在,这便提出了一个有趣的问题:为什么消除基因组烷基化损伤会有另一种机制?(
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