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自从人类基因组测序的完成，有一个问题已经长时间阻碍了基因调控（gene control）的科学研究，即人类是如何复杂于酵母这类低等生物的，这是否与我们基因组中的一些基因调控蛋白有关呢？
约翰霍普金斯医学院的研究人员通过检测整个基因组中蛋白-DNA互作，发现有300多个蛋白能够调控基因，这项新发现说明，先前所有已知的蛋白在细胞中还承担着其他的角色。这项研究结果发布在10月30日的Cell上，为人类复杂于酵母提供了部分解释。
Heng Zhu博士介绍说，转录因子能够以序列特异性的方式绑定到DNA上。但是这只是我们表面上能够观察到的，其实我们发现还有一些蛋白能够潜在作为二线转录因子。
研究小组猜测，可能有更多基因组编码的蛋白同样能够在二线调控基因，所以研究人员认为，相对简单的生物，比如植物，它们似乎比人类有更多的转录因子。
此外，可能我们的大部分基因进行着双重，三重或四重的运作，Zhu介绍说，这可能是人类中存在的一个普遍现象，或许也是人类复杂于其他生物而并没有明显多的基因的原因。
研究小组开始着手确定哪些基因组编码的蛋白能绑定到哪些特定的DNA序列上。他们检测了人类基因子上1,400到1,700个能够绑定到DNA上并能打开或关闭基因的转录因子，此外还包括一些其他类型的蛋白，如维持染色体结构并能绑定到结构特异的RNA上的蛋白，在细胞内传递信息但不会直接和DNA接触的蛋白。在蛋白质芯片上，总共收集了将近4,200种人类的蛋白。
为了识别芯片上能够直接绑定DNA的蛋白，研究小组查阅了之前的科学文献，并记录了460段不同的短序列DNA，这些序列是已知的或被预测能够连接蛋白的。研究人员将每一段DNA序列与蛋白质芯片进行测试。除了发现许多转录因子的蛋白质-DNA互作和一些先前证实的互作外，还发现了367种新的非传统DNA绑定蛋白。
研究人员介绍说，这项发现几乎将蛋白-DNA互作的数量增加了1倍，但是他们只是考察了所有人类蛋白中的1/5，可能还有数百甚至数千的更多像这类非传统的转录因子存在，而这还是未知的。其中一个非传统的转录因子是MAP激酶1，也就是ERK2。这是一种已经被深入研究过的蛋白，能够控制细胞生长和发育
