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西亚试剂::QiaEX相关参数

DNA size Recovery*

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44 bp 75%
75 bp 75%
500 bp 95%
7.5 kb 85%
23.5 kb 75%
48.5 kb 60%
 
Binding capacity: 5 µg DNA per 10 µl QIAEX II suspension
Recovery: 60–95% of DNA fragments (40 bp – 50 kb)
Elution volume: Elution volume: 20 µl

    类似方法的产品还包括Roche的Agarose Gel DNA Extraction Kit

2 Agarose Gel DNA Extraction Kit
产地:Roche-Applied Science
回收范围:0.4kb—100kb(单核苷酸〉20bp)


特点:

标准的或低熔点琼脂糖回收都可
可以用于克隆连接或者高特异性标记(基本标记或缺口平移primed labelling or nick translation)
0.4kb—9.5kb范围内回收率为80%
通用型试剂盒:大至100kbDNA片段到小到寡核苷酸都可以
操作简单
均匀统一的纯化介质珠,减少剪切力,无杂质(比如酶抑制剂),不会影响后续反应
使用心得:

    Roche的胶回收试剂盒原理也是一样的,可以完成几乎实验室有关DNA胶回收的所有需要,从基因组大片段DNA到单核苷酸,并且在回收率上也有出彩的表现:0.4-9.5kb,大约80%;10-100kb,大约60%;单核苷酸(>20碱基),大约65%

    其实,纯化介质在使用中有一些操作的问题,其实改良起来也并不很困难。只要多提供一个单纯过滤离心柱,原来的问题看来应该不难解决——直接将混合有纯化介质的溶胶液加入柱子中过滤离心,吸附了DNA的纯化介质在膜上,上清彻底离心到管中,不就不用担心会悬浮沉淀、干沙等等问题了吗?其实Promega就有这样的解决方法,不过由于那试剂盒主要目的是纯化PCR产物或者酶切反应中的DNA,本身不带溶胶液,所以在这里就不具体介绍了。

    这种方法通常需时半小时左右,算是比较快速省事的。毕竟大片断的操作要格外小心。这里再重复介绍一下其他的一些方法。

    1. 低熔点琼脂糖:如果你手头有Cambrex(原来的FMC,琼脂糖行业标准的制定者)的SeaPlaque GTG琼脂糖,那真是太幸福了。SeaPlaque是世界上第一个低熔点琼脂糖系列,Cambrex的GTG(遗传技术级别)级琼脂糖特别去除了抑制酶反应的各种杂质,可以在琼脂糖凝胶中进行各种酶切、连接、PCR、转化等等实验。所以,SeaPlaque GTG凝胶电泳后切下的条带就可以在65度融化(20-30度凝固),直接进行后继的酶切连接PCR等等的反应了,当然,前提是你的电泳槽和Buffer要足够干净,最好是专用的。这个反应条件实在是足够温和,当然不便宜,25克琼脂糖要1788大元!特别适合分辨200bp—25kb的片断。其实,也就是大小通用的方法。

    如果只是普通的低熔点琼脂糖也不要紧,切下来的胶块加入缓冲液65度融化后冷却到室温,可以直接用等体积酚抽,也可以用琼脂糖酶来消化。酚抽时注意不要剧烈振荡以免损伤大片断DNA,两相间的白色物质是琼脂糖,取上清酚氯仿抽提后乙醇沉淀。琼脂糖酶可以消化融化的琼脂糖为低聚糖,随后用酚氯仿抽提后用乙醇沉淀。New England Biolabs的这种酶50单位价格300多,每200mg 1%凝胶用一个单位酶,42度条件下反应。Takara的这种酶100单位260多,同样体积的凝胶要用2个单位,可以在60度反应,所以也可以用常规琼脂糖。只是常规琼脂糖在65度挺难融,很费时间。

    2. 电洗脱的原理是将含DNA片断的凝胶放在一个用半透膜隔离的空间中,通过电泳的电流使得DNA离开凝胶进入液相,回收液相后纯化沉淀其中的DNA分子。电洗脱主要的麻烦是在透析带都比较大、两头要绑,没有刚性的袋子使用不方便,中间溶液体积大,膜面积大容易吸附产物。以色列一家公司出品的GeBA产品,是在离心指管两边开窗贴上透析膜,这种管子可用于透析或者电洗脱,由于管子有刚性,内容体积固定,膜面积也很小,同时还提供电洗脱时放在电泳槽中的架子,操作起来十分方便,很大程度上解决了这个困扰。电洗脱条件温和,对琼脂糖没有特殊要求,同时还可以用于丙烯酰胺凝胶中的片断回收或者是蛋白质的回收。GeBA的产品基因有限公司有售,此外Merck旗下的Novagen也引进了类似的产品,价格相当。

    3. 挖槽法。限于个人习惯的一些不入流的小技巧,有时应急(比如定的产品老不到货时)也可以对付一下。无非就是在条带前面挖坑,加入缓冲液,继续电泳半分钟,手提紫外观察,等条带全“下海”就把坑里的溶液都吸上来。大片断会遇到的问题通常是出胶慢,上对岸倒快,所以应对就要用2手,一个是在坑里缓冲液中加点什么让泳动速度降下来(低熔点琼脂糖就是其中一个方法),要不就在对岸堵上孔径特小的膜,等这边条带全部下水后反向电泳一下,让被膜阻挡的DNA回头,离开那膜。然后取溶液纯化DNA。这些方法通常在条带浓,回收率要求不高的时候可以应急,挺磨耐性的,平常还是用Kit的算了。这里提到的老方法,都要特别注意,切胶的刀要干净锋利,切口平滑,切得不整齐有时DNA出胶很慢,不知道为什么。

 

丙烯醛肉桂醛桂皮醛4-硝基肉桂醛