强氧化剂容易同细菌的细胞壁中的脂蛋白或细胞膜中的磷脂质、蛋白质发生化学反应，从而使细菌的细胞壁和细胞受到破坏（即所谓的溶菌作用），细胞膜的通透性增加，细胞内物质外流，使其失去活性。
强氧化剂破坏或分解细胞壁，迅速扩散进入细胞内，氧化了细胞内酶或RNA、DNA，从而致死菌原体。
能够被强氧化剂（臭氧）杀菌后灭活的微生物，如下所述。
▲ 病毒
流行性感冒病毒、疱疹病毒、B型肝炎病毒（HB）、人类免疫不全病毒（HIV，通称爱滋病毒）等。
▲细菌
革兰阴性菌（水中、菌体内毒素）、大肠菌、沙门氏菌、赤痢菌、霍乱弧菌、螺旋菌、绿脓菌、伤寒杆菌、弧菌、革兰阳性菌（土中、水底）、链球菌、葡萄球菌（MRSA）、芽孢杆菌属炭疽菌、破伤风菌、肉毒杆菌等。
▲真菌
深在性——念珠菌、隐球菌。
表在性——白癣菌、表皮菌、其他微菌类。
▲ 原虫
阿米巴原虫、弓桨虫、疟原虫。
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